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真核生物细胞状态是由内源和外源因素共同影响的，所有信号传递途径的终点都是DNA。DNA通过核蛋白复合物组成染色质，染色质基因调控的一个重要作用位点。转录激活因子和辅助抑制因子的研究显示存在一种新的调节机制 “组蛋白密码”，其信息存在于组蛋白的转录后修饰等过程中。该类修饰包括组蛋白磷酸化、乙酰化、甲基化、ADP-核糖基化等过程。随着越来越多组蛋白核心结构区域和羧端修饰的确定，组蛋白密码在控制和调节基因功能过程中的作用越来越明确。参与修饰的酶根据其作用的不同而分类：如组氨酸乙酰转移酶（HATs）可以将乙酰基团转到组蛋白上；组蛋白去乙酰酶（HDACs）可以去除氨基酸上的乙酰基团；组蛋白甲基转移酶（HMTs）可以将甲基基团转移到组蛋白上等。不同组氨酸修饰标记对应于不同的生物学过程，它可以作为调节因子的作用位点，也可以用来改变染色质结构。

凝胶电泳迁移率改变分析（EMSA）是目前研究转录调控蛋白和相应核苷酸序列结合的常用方法，但是由于许多转录调控蛋白有相似或相同的DNA结合位点，这种体外分析获取的结果不一定能真实地反映体内转录调控蛋白和DNA结合状况。染色质免疫沉淀分析（ChiP）是基于体内分析发展起来的方法，它能真实、完整地反映结合在DNA序列上的调控蛋白。它是目前确定与特定蛋白结合的基因组区域或确定与特定基因组区域结合的蛋白质的最好方法。ChiP技术和芯片技术的结合有利于确定全基因组范围内染色体蛋白的分布模式以及组蛋白修饰情况。
 

图：ChiP技术的示意图：

甲醛处理使蛋白质与DNA交联；

超声波将染色质打断成一定大小；

通过抗体沉淀蛋白质－DNA交联复合体；

解除交联，纯化DNA；

实时定量PCR检测DNA的量

应用：

组蛋白修饰酶的抗体作为“生物标记”转录调控分析

药物开发研究

有丝分裂研究

DNA损失与凋亡分析

试剂盒组分

ssDNA/Protein A Agarose

ssDNA/Protein A agarose 

ssDNA/Protein G Agarose

ChIP Dilution Buffer

Low salt wash buffer

High salt wash buffer

LiCl Wash Buffer

TE Buffer

0.5M EDTA

5M NaCL

1M Tris-HCl, pH 6.5

SDS Lysis Buffer
 

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